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2000年9月30日，博奧生物集團有限公司（簡稱“博奧生物”）在國務(wù)院、發(fā)改委、科技部、教育部、衛(wèi)生部及北京市領(lǐng)導(dǎo)的大力支持下注冊成立。同年，生物芯片北京國家工程研究中心依托博奧生物成立。博奧生物集團有限公司暨生物芯片北京國家工程研究中心，是我國醫(yī)療健康產(chǎn)業(yè)的國有創(chuàng)新型高科技企業(yè)，同時也是我國首個以企業(yè)化方式運作的國家級生物芯片工程研究中心。

2000年2月29日，在中南海召開的“國務(wù)院辦公廳第十次科技講座”上，中心主任程京院士為國務(wù)院及各部委領(lǐng)導(dǎo)作了題為《生物芯片-下個世紀革命性的技術(shù)》專題報告，呼吁“中國應(yīng)加大在生物芯片研發(fā)方面的投入，實施強強結(jié)合，盡快建立國家級工程研究中心，迅速研究開發(fā)出一批具有我國自主知識產(chǎn)權(quán)的技術(shù)，積極參與到國際競爭的行列中去”。這次報告推動黨和國家當機立斷，將生物芯片產(chǎn)業(yè)的發(fā)展作為我國科技戰(zhàn)略布局之一，并獲批復(fù)“特事特辦”推進生物芯片北京國家工程研究中心建設(shè)。

中心自成立以來，率先在國內(nèi)建立了自主的生物芯片核心技術(shù)平臺，擁有臨床診斷產(chǎn)品研發(fā)、生產(chǎn)、銷售以及全國第三方獨立醫(yī)學實驗室服務(wù)于一體的大醫(yī)學完整產(chǎn)業(yè)鏈，開發(fā)了具有自主知識產(chǎn)權(quán)的生物芯片和全線配套設(shè)備產(chǎn)品，實現(xiàn)了生物芯片及全線配套產(chǎn)品的國產(chǎn)化，并在科研和臨床診斷領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用；同時，響應(yīng)國家關(guān)于“預(yù)防為主，中西醫(yī)并重”的衛(wèi)生健康方針，推動健康中國建設(shè)，中心將現(xiàn)代醫(yī)學與中國傳統(tǒng)醫(yī)學緊密結(jié)合，打造出了集健康產(chǎn)品、健康管理和醫(yī)療康復(fù)于一體的大健康產(chǎn)業(yè)板塊。作為基因診斷和健康管理產(chǎn)業(yè)的“排頭兵”，中心產(chǎn)業(yè)技術(shù)持續(xù)升級，不斷推動核心技術(shù)平臺的創(chuàng)新研發(fā)，包括微陣列芯片技術(shù)平臺、微流控芯片技術(shù)平臺、中醫(yī)現(xiàn)代化硬件與人工智能平臺、中藥現(xiàn)代化分子本草高通量篩選平臺等。多年來，中心構(gòu)建起了中國的生物芯片產(chǎn)業(yè)鏈，培養(yǎng)了一批技術(shù)產(chǎn)業(yè)復(fù)合型人才，實現(xiàn)了中國生物芯片行業(yè)的跨越式發(fā)展。

在國家“十五”至“十四五”期間，中心牽頭和參與了近130項國家和省部級科研項目；2007年，中心承擔的“系統(tǒng)化生物芯片和相關(guān)儀器設(shè)備的研制及其應(yīng)用項目”榮獲國家技術(shù)發(fā)明獎二等獎，2018年，“遺傳性耳聾基因診斷芯片系統(tǒng)的研制及應(yīng)用項目”榮獲國家技術(shù)發(fā)明獎二等獎，2023年，“中醫(yī)體質(zhì)辨識體系建立及應(yīng)用”項目榮獲國家科技進步獎二等獎，三次榮膺國家科學技術(shù)獎勵，彰顯了國家工程研究中心在中、西醫(yī)領(lǐng)域科技創(chuàng)新方面的強勁實力。中心已獲境內(nèi)外專利累計授權(quán)超850項，專利轉(zhuǎn)化率超50%。作為生物芯片標準化技術(shù)委員會的承擔單位，公司主導(dǎo)制定的18項國家標準、9項行業(yè)標準獲得頒布。在Nature Biotechnology、Nature Communications、Journal of Human Genetics、Clinical Chemistry等科學雜志上發(fā)表SCI論文 240 余篇，編著中英文專著11部。

自成立以來，中心始終堅持自主創(chuàng)新，使我國在國際生物芯片領(lǐng)域掌握了話語權(quán)：世界首創(chuàng)電磁式生物芯片、國際上第一張轉(zhuǎn)錄因子活性譜芯片、國際上第一張用于SARS病毒早期檢測的基因芯片、全球第一張獲批用于臨床的遺傳性耳聾基因檢測芯片、全球第一張獲批用于臨床的新冠病毒核酸檢測的全集成芯片實驗室、全球第一個無空間隔離要求的車載新冠病毒核酸檢測移動實驗室，并開創(chuàng)了中國高端精密生物分析儀器出口發(fā)達國家的先例。

在黨和國家的關(guān)懷下、北京市政府的支持下，鑒于中心在生命科學與集成醫(yī)療的突出貢獻，陸續(xù)獲批國家發(fā)改委生物芯片北京國家工程研究中心、國家企業(yè)技術(shù)中心、北京市企業(yè)技術(shù)中心、科技部國家863計劃成果產(chǎn)業(yè)化基地、國家生命科學人才培養(yǎng)基地、國家衛(wèi)生計生委個體化醫(yī)學檢測試點單位（獲批的三家單位中唯一可盈利性單位）、國家衛(wèi)生計生委第一批高通量基因測序技術(shù)臨床應(yīng)用試點單位（腫瘤診斷與治療、遺傳病診斷、產(chǎn)前篩查與診斷、植入前胚胎遺傳學診斷）、國家基因檢測技術(shù)應(yīng)用示范中心、中國合格評定國家認可委員會實驗室認證、美國組織相容性及遺傳學協(xié)會（ASHI）認證、中國醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會生物芯片分會主任委員單位、全國生物芯片標準化技術(shù)委員會主任委員及秘書處單位等多項殊榮。

中心2001年利用獨創(chuàng)的生物芯片藥物篩選專有技術(shù)發(fā)起成立深圳微芯生物科技股份有限公司，2019年作為全國首家醫(yī)藥企業(yè)在科創(chuàng)板成功上市，以發(fā)行市盈率467.51倍創(chuàng)下科創(chuàng)板記錄；2012年利用獨創(chuàng)的一批診斷生物芯片專利技術(shù)，成立產(chǎn)業(yè)公司北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司，其在生物芯片與基因檢測領(lǐng)域始終處于國內(nèi)領(lǐng)先地位，獲評全國獨角獸企業(yè)；2021年利用獨創(chuàng)的分子本草相關(guān)專利技術(shù)，創(chuàng)立北京博奧晶方生物科技有限公司，基于現(xiàn)代生命科學和AI技術(shù)首創(chuàng)世界超大規(guī)模的中藥分子功能基因表達譜數(shù)據(jù)庫，用數(shù)字化、標準化、規(guī)范化的方式開展中藥創(chuàng)新藥的開發(fā)及中藥藥效分析服務(wù)，致力于為中醫(yī)藥的現(xiàn)代化和國際化開創(chuàng)全新的科學發(fā)展路徑；2024年利用獨創(chuàng)的一批中醫(yī)藥智能診斷專利技術(shù)，成立北京博奧晶準生物科技有限公司，利用現(xiàn)代工程科學技術(shù)融合人工智能、生物信息學、大數(shù)據(jù)分析等現(xiàn)代科技手段，致力于實現(xiàn)數(shù)字化、標準化、智能化中醫(yī)診療技術(shù)的突破。中心形成了“中西醫(yī)并重”的西醫(yī)診斷（博奧晶典）、西藥研發(fā)（微芯生物）、中醫(yī)診斷（博奧晶準）和中藥研發(fā)（博奧晶方）四大產(chǎn)業(yè)化平臺。此外，在大健康板塊，布局集健康產(chǎn)品、健康技術(shù)、健康管理、康復(fù)養(yǎng)老于一體的產(chǎn)業(yè)平臺博奧健康，形成精準檢測、科學評估、依測而調(diào)、身心并重的健康管理 “測-調(diào)/診-療”一體化閉環(huán)解決方案。